應用生態工程對於汙染去除目前為世界各國在城市開發中致力發展的方向。土壤中微生物能對於環境中的汙染，以極低的成本與維護進行有效的淨化。然而能夠實際設計這類工法前，背後汙染移除的原理必須先能被充分了解，才能夠提出有效的設計規劃。此外在海岸生態系統，由於潮汐的變化影響，土壤中的微生物反應變化相較於其他生態系統更為多樣化且複雜化，本課程主要探討自然環境中的微生物與生態環境之間的交互關係，可為生態復育，或是工程設計的核心原理。

本課程希望能夠透過一個學期的時間，向同學詳細介紹淡水生態系統與海岸生態系統的土壤微生物對環境因子的適應與變化。這複雜的生態，不僅僅是構成地球生命的核心，也是未來人類在思考如何架構生態永續發展時所需要先充分具備的知識。

本課程主要為介紹自然界的環境微生物與其生態系的影響變化，著重於學生對於課程講授內容吸收與了解。因此課程評量以期中考加期末考試搭配作業並參考學生出席狀況做為評量學習的依據。

Paul, E. A., 2015. Soil Microbiology, Ecology and Biochemistry, 4th Edition. Academic Press A. I. Laskin, H. Lechevalier, 2018. Microbial ecology. CRC revivals. Coyne, M. 1999. Soil Microbiology: An exploratory approach. Delmar Publishers, New York, USA Fenchel, T., King, G. M., Blackburn, T. H., 2012. Bacterial Biogeochemistry: The Ecophysiology of Mineral Cycling, 3rd Edition. Academic Press Schlesinger, W. H., Bernhardt, E., 2013. Biogeochemistry: An Analysis of Global Change, 3rd Edition. Academic Press