生物學的Linux基本指令

112-2 開課
  • 備註
  • 修課限制
    • 限醫學院學生(含輔系、雙修生)限生農學院學生(含輔系、雙修生)限公衛學院學生(含輔系、雙修生)限生命科學院學生(含輔系、雙修生)

  • 本校選課狀況

    已選上
    0/25
    外系已選上
    0/0
    剩餘名額
    0
    已登記
    0
  • 課程概述
    本課程以生命科學系的學生為授課對象,藉由學習基本的Linux操作指令,來讓學生了解Linux下基本的文字(命令列)介面指令操作。生物資訊學與計算生物學相關套件經常建立於Linux系統下,並預設使用者具備相關知識,因此本課程的目的即為作為Linux系統下的基礎導引,對於Windows使用者,藉由Cygwin軟體來執行類UNIX系統(本身安裝Linux系統或macOS者已具備可執行系統)並學習相關系統操作。學生將學會在Linux/類Unix系統之文字(命令列)介面之基本指令操作,以期學生對未來安裝與使用生物資訊學與計算生物學中基於Linux系統之相關套件時能更容易上手。
  • 課程目標
    1. 透過對Linux/類Unix系統之文字(命令列)介面的基本概念進行講授與導引,使修課同學能夠具備Linux/類Unix系統之基本操作能力。 2. 藉由課堂實作練習與討論,使修課同學能夠使用文字(命令列)介面進行文件修改與篩選。 3. 以生物學相關案例說明,使修課同學能轉換問題至基本指令並進行基礎分析。
  • 課程要求
    ● 基本電腦操作與軟體安裝能力 ● 建議預修課程:無須先修課程。
  • 預期每週課後學習時數
    1-2小時
  • Office Hour
    *此 Office Hour 需要提前預約
  • 指定閱讀
  • 參考書目
    [1] Shotts, W. (2019). The Linux command line: a complete introduction. No Starch Press. [2] Lakshman, S., & Tushar, S. (2011). Linux shell scripting cookbook. Packt Publishing.
  • 評量方式
  • 針對學生困難提供學生調整方式
    調整方式說明
    上課形式

    提供學生彈性出席課程方式

    作業繳交方式

    書面報告取代口頭報告

    口頭報告取代書面報告

    學生與授課老師協議改以其他形式呈現

    考試形式

    書面(口頭)報告取代考試

    其他

    由師生雙方議定

  • 課程進度
    02/20第 1 週課程基本介紹
    02/27第 2 週Linux系統的基本介紹與操作:終端機操作與視窗介面比較
    03/05第 3 週Linux系統下的基本指令與操作(1):檔案與資料夾的操作
    03/12第 4 週Linux系統下的基本指令與操作(2):檔案的相關處理
    03/19第 5 週Linux系統下的基本指令與操作(3):萬用字元與awk
    03/26第 6 週Linux系統下的檔案文字編輯vim
    04/02第 7 週綜合練習:網站資料抓取與整理
    04/09第 8 週期中考試
    04/16第 9 週Shell Scripts 的寫法(1):初探
    04/23第 10 週Shell Scripts 的寫法(2):條件與迴圈
    04/30第 11 週Shell Scripts 的寫法(3):函數
    05/07第 12 週綜合練習(1):序列特徵尋找 (條件、迴圈、函數形式)
    05/14第 13 週綜合練習(2):序列特徵尋找 (變數、基本指令形式)
    05/21第 14 週綜合練習(3):生物學應用實例集錦
    05/28第 15 週期末專題
    06/04第 16 週期末專題