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生物學的Linux基本指令

112-2 開課
  • 備註
  • 修課限制
    • 限醫學院學生(含輔系、雙修生)限生農學院學生(含輔系、雙修生)限公衛學院學生(含輔系、雙修生)限生命科學院學生(含輔系、雙修生)

  • 本校選課狀況

    已選上
    0/25
    外系已選上
    0/0
    剩餘名額
    0
    已登記
    0
  • 課程概述
    本課程以生命科學系的學生為授課對象,藉由學習基本的Linux操作指令,來讓學生了解Linux下基本的文字(命令列)介面指令操作。生物資訊學與計算生物學相關套件經常建立於Linux系統下,並預設使用者具備相關知識,因此本課程的目的即為作為Linux系統下的基礎導引,對於Windows使用者,藉由Cygwin軟體來執行類UNIX系統(本身安裝Linux系統或macOS者已具備可執行系統)並學習相關系統操作。學生將學會在Linux/類Unix系統之文字(命令列)介面之基本指令操作,以期學生對未來安裝與使用生物資訊學與計算生物學中基於Linux系統之相關套件時能更容易上手。
  • 課程目標
    1. 透過對Linux/類Unix系統之文字(命令列)介面的基本概念進行講授與導引,使修課同學能夠具備Linux/類Unix系統之基本操作能力。 2. 藉由課堂實作練習與討論,使修課同學能夠使用文字(命令列)介面進行文件修改與篩選。 3. 以生物學相關案例說明,使修課同學能轉換問題至基本指令並進行基礎分析。
  • 課程要求
    ● 基本電腦操作與軟體安裝能力 ● 建議預修課程:無須先修課程。
  • 預期每週課前或/與課後學習時數
    1-2小時
  • Office Hour
    *此 Office Hour 需要提前預約
  • 指定閱讀
  • 參考書目
    [1] Shotts, W. (2019). The Linux command line: a complete introduction. No Starch Press. [2] Lakshman, S., & Tushar, S. (2011). Linux shell scripting cookbook. Packt Publishing.
  • 評量方式
  • 針對學生困難提供學生調整方式
    調整方式說明
    A3

    提供學生彈性出席課程方式

    Provide students with flexible ways of attending courses

    B2

    書面報告取代口頭報告

    Written report replaces oral report

    B3

    口頭報告取代書面報告

    Oral report replaces written report

    B6

    學生與授課老師協議改以其他形式呈現

    Mutual agreement to present in other ways between students and instructors

    C2

    書面(口頭)報告取代考試

    Written (oral) reports replace exams

    D1

    由師生雙方議定

    Negotiated by both teachers and students

  • 補課資訊
  • 課程進度
    02/20第 1 週課程基本介紹
    02/27第 2 週Linux系統的基本介紹與操作:終端機操作與視窗介面比較
    03/05第 3 週Linux系統下的基本指令與操作(1):檔案與資料夾的操作
    03/12第 4 週Linux系統下的基本指令與操作(2):檔案的相關處理
    03/19第 5 週Linux系統下的基本指令與操作(3):萬用字元與awk
    03/26第 6 週Linux系統下的檔案文字編輯vim
    04/02第 7 週綜合練習:網站資料抓取與整理
    04/09第 8 週期中考試
    04/16第 9 週Shell Scripts 的寫法(1):初探
    04/23第 10 週Shell Scripts 的寫法(2):條件與迴圈
    04/30第 11 週Shell Scripts 的寫法(3):函數
    05/07第 12 週綜合練習(1):序列特徵尋找 (條件、迴圈、函數形式)
    05/14第 13 週綜合練習(2):序列特徵尋找 (變數、基本指令形式)
    05/21第 14 週綜合練習(3):生物學應用實例集錦
    05/28第 15 週期末專題
    06/04第 16 週期末專題