本課程為進階的藥物化學課程，主要為介紹與講解小分子藥物的藥物作用和設計藥物的原理和方法。課程的第一部分為探討以酵素為標的的藥物，講解酵素動力學與抑制劑的設計原理。第二部分為受體的研究，主要講解這一類藥物的作用方式。第三部分為核酸的藥物設計與核酸的作用關係。第四部分重點在闡述藥物設計的原理，講解化學上修飾藥物修飾的方法與結構與活性的關係。第五部分為探討藥物的的似藥特性(drug-like properties)，探討如何設計化合物可以改善其藥物的溶解度、脂溶性、pKa、穿透度、安定性、蛋白質結合力、毒性、代謝方式和毒性，以及prodrug的設計原理和應用。

為了讓學生了解藥物的分子層次的作用及藥物設計的概念，增加學生似藥特性分子的知識。 酵素（enzymes） ：這部分包酵素催化反應的動力學，及抑制劑的設計原理和方法，透過這個課程學生應該要有設計一個酵素抑制劑的能力。 核酸(nucleic acid)：這部分將讓學生了解小分子與核酸作用的各種關係，及其成為藥物的原理。 受體 (receptors)：學生應該了解細胞受體的位置、訊息傳遞原理和病理作用，也將區別所謂的agonist 和antagonist在受器上的作用方式，及相關藥物設計的方法。 藥物設計的原理：這部分學生將學會基本的藥物設計的概念，如透過生物等電性(bioisostere)、環壓縮（ring constriction）或是結構裁去法( truncation)等的理論藥物設計（rational drug design）概念。 藥物的似藥特性(drug-like properties): 這一部分主要是了解藥物的物理化學性質並講解透過化學修飾改善藥物的水溶性、脂溶性、pKa、穿透度、安定性、蛋白質結合力、毒性的方法，也會講解針對因代謝方式產生毒性的原理和其藥物設計的方法，以及prodrug的設計原理和應用。 藥物設計的新方法：這部分會介紹近五年新引進的藥物設計的方法。

必須修過藥物化學（大學部的藥物化學、研究所的分子藥物化學及新藥探索等）相關課程。

1. R. B. Silverman (2014). The Organic Chemistry of Drug Design and Drug Action, 3rd Edition, Academic Press Inc. 2. L. Di & E. Kerns (2008) Drug-like Properties: Concepts, Structure Design and Methods, 1st Edition from ADME to Toxicity Optimization, 1st Edition, Academic Press Inc.